Panayotov bắt đầu sự nghiệp ở Levski Sofia, nhưng anh chưa bao giờ ra sân ở đội chính. Tuy nhiên, anh lại thi đấu thường xuyên cho câu lạc bộ ở cấp độ U-19. Panayotov được cho mượn đến câu lạc bộ B PFG Volov Shumen đầu mùa giải 2009–10.

Vào tháng 6 năm 2010 anh chuyển đến Pirin Gotse Delchev. Anh ghi 1 bàn trong 16 lần xuaatss hiện, trước khi chuyển đến Bansko vào tháng 1 năm 2011.

Vào tháng 6 năm 2016 Panayotov ký hợp đồng với Beroe Stara Zagora[2] nhưng bị giải phóng vào tháng 12.[3]

Ngày 16 tháng 1 năm 2017, Panayotov ký hợp đồng với Stal Mielec.[4]

Ngày 19 tháng 6 năm 2017, Panayotov ký hợp đồng với Levski Sofia.[5]